في إطار حماية التراث المعماري، نصت المادة الثانية عشرة من القانون على أنه دون الإخلال بأي عقوبة أشد ينص عليها قانون آخر، يعاقب بالسجن مدة لا تقل عن سنة ولا تتجاوز خمس سنوات، وبغرامة لا تقل عن مائة ألف جنيه ولا تزيد على خمسة ملايين جنيه، كل من قام بهدم كلي أو جزئي لمبنى أو منشأة مشمولة بأحكام الفقرة الأولى من المادة الثانية من هذا القانون. وإذا توقف الفعل عند حد الشروع، يجوز للقاضي أن يحكم بإحدى هاتين العقوبتين.
كما يترتب على هدم المبنى أو المنشأة المذكورة في الفقرة السابقة عدم السماح بالبناء على أرضها لمدة خمسة عشر عامًا، إلا في حدود المساحة والارتفاع اللذين كانا عليهما قبل الهدم، وذلك مع عدم الإخلال بما تحدده اشتراطات البناء من مساحات أو ارتفاعات أقل.
وتلزم المادة ذاتها بشطب اسم المهندس أو المقاول المحكوم عليه من سجلات نقابة المهندسين أو الاتحاد المصري لمقاولي التشييد والبناء حسب الأحوال، لمدة لا تتجاوز سنتين، وفي حال تكرار المخالفة يكون الشطب لمدة لا تقل عن سنتين ولا تزيد على خمس سنوات.
ويعاقب بالحبس وبغرامة تتراوح بين عشرين ألف جنيه ومليون جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل من هدم أو شرع في هدم مبنى أو منشأة تخضع لأحكام الفقرة الثانية من المادة الثانية من هذا القانون، وكل من خالف أي حكم من أحكام المادتين الثامنة والعاشرة والفقرة الثانية من هذه المادة.
ومن الجدير بالذكر أن المادة الثانية من القانون تحظر الترخيص بالهدم أو الإضافة للمباني والمنشآت ذات الطراز المعماري المتميز المرتبطة بالتاريخ القومي أو بشخصية تاريخية أو التي تمثل حقبة تاريخية أو التي تعد مزارًا سياحيًا، وذلك مع عدم الإخلال بالتعويض المستحق قانونًا. ولا يجوز هدم أي مبنى آخر أو الشروع في هدمه إلا بعد الحصول على ترخيص يصدر وفقًا لأحكام هذا القانون.
